La iglesia de Yavi actuó como capilla palatina respecto de la Casa de los Marqueses. La torre está unida al templo y su pesada figura es la edificación más alta del pueblo. El interior de la iglesia se sostiene en dos gruesos muros de adobe que sostiene el artesonado construido con madera de cardón, atado con tientos de cuero. Sus dimensiones son 7,50 metros de alto, por 5,50 de ancho y su longitud es de 22 metros, se pasa por debajo del coro alto y largo. A la derecha de la nave se encuentra un exquisito púlpito tallado con madera dorada y que da paso al arco que comunica con la Capilla de las Ánimas, mientras el presbiterio está presentado por un gran arco triunfal formado por tres grandes vigas ornamentadas.

La decoración es excepcional para el edificio y el lugar geográfico:la iglesia tiene tres retablos tallados cubiertos de pan de oro, ubicándose dos en la naves del templo y uno en la Capilla de las Ánimas. Los retablos de estilo barroco peruano poseen tallas de santos en madera de un gran valor artístico, además de pinturas de origen flamenco dispuestas en forma de medallones. Las naves también poseen pinturas al caballete del maestro pintor Mateo Pizarro datadas en el siglo XVIII. El sagrario es una pieza de arte en sí misma, ya que su interior está decorado con espejos venecianos y proyectándose la luz a través de una fina lámina de alabastro al momento de abrirse las pequeñas puertas del mismo. La fecha de su terminación es el año 1707, mientras la conclusión del templo es de 1690, según la inscripción que obra en uno de los dinteles de las puertas de acceso. La Capilla de las Ánimas construidas en sufragio de los Marqueses de Tojo y de su familia, posee en su retablo una talla de Cristo Crucificado, acompañado por imágenes de la Virgen María y de San Juan, que constituyen un pequeño templo por derecho propio.